На територията на община Ботевград има три защитени зони включени в Натура 2000, обявени по Директива 92/43/ЕИО за опазване на естествените местообитания и на дивата флора и фауна:
- BG0000374 Бебреш – за опазване на най-вече на дъбови и букови гори, низинни сенокосни ливади и хазмофитна растителност по варовикови скални склонове
- BG0001042 Искърски пролом – Ржана – за опазване на разнообразни местообитания, включващи горски територии, силикатни скали и неблагоустроени пещери, извори с твърда вода и туфести формации, равнинни или планински реки и ливади
- BG0001043 Етрополе – Байлово – за опазване на горски и тревни съобщества, силикатни сипеи от планинския до снежния пояс, силикатни скали с пионерна растителност и др.